Kepaniteraan Muda Perkara menyelenggarakan fungsi:

1.     Pelaksanaan pemeriksaan dan penelaahan berkas perkara gugatan dan perkara permohonan;
2.     Pelaksanaan Registrasi Perkara Gugatan dan Perkara Permohonan, antara lain:
a.     Memberi nomor register pada setiap perkara yang diterima di kepaniteraan;
b.     Mencatat setiap perkara yang diterima ke dalam buku daftar disertai catatan singkat tentang isinya beserta klasifikasi dan jenis perkara;
c.     Dalam hal suatu gugatan diajukan kepada PTUN lain yang lebih dekat letanya dengan kediaman Penggugat dari pada PTUN yang memiliki kompetensi relative maka PTUN yang menjadi perantara tersebut berkewajiban membubuhkan cap tanggal penerimaan gugatan tersebut, selanjutnya berkas perkara gugatan tersebut segera dikirim kepada PTUN yang berwenang mengadili dan segala surat menyurat (dengan POS tercatat) dilakukan langsung antara PTUN yang berwenang mengadili dengan pihak Penggugat atau Tergugat yang bersangkutan;
d.     Mencatat gugatan yang diterima melalui pos, jika belum dipenuhi pembayaran panjar biaya perkara maka dicatat dalam buku bantu register dengan mendasarkan pada tanggal diterimanya gugatan tersebut, Panitera harus memberitahu tentang pembayaran panjar biaya perkara kepada Penggugat dalam tenggang waktu sesuai dengan ketentuan pasal 55 UU Peratun;
3.     Pelaksanaan penelitian administrasi gugatan atau permohonan;
4.     Pelaksanaan penyerahan berkas perkara gugatan atau perkara permohonan kepada Ketua PTUN melalui Panitera untuk ditetapkan apakah perkara tersebut dismissal atau tidak, jika tidak akan ditetapkan atau ditunjuk Majelis Hakim yang akan memeriksa.
5.     Pelaksanaan penerimaan kembali berkas perkara yang sudah diputus dan diminutasi;
6.     Pelaksanaan pemberitahuan isi putusan tingkat pertama kepada para pihak;
7.     Pelaksanaan penerimaan dan pengiriman berkas perkara yang dimohonkan Banding, Kasasi dan Peninjauan Kembali;
8.     Pelaksanaan pengawasan terhadap pemberitahuan isi putusan upaya hukum kepada para pihak dan menyampaikan relas penyerahan isi putusan kepada Pengadilan Tinggi TUN dan MA;
9.     Pelaksanaan penerimaan permohonan eksekusi;
10.     Pelaksanaan penyimpanan berkas perkara yang belum mempunyai kekuatan hukum tetap;
11.     Pelaksanaan penyerahan berkas perkara yang sudah mempunyai kekuatan hukum tetap kepada Panitera Muda Hukum;
12.     Pelaksanaan urusan administrasi kepaniteraan, termasuk:

a. Mencatat jadwal sidang sesuai laporan dari Panitera/Panitera Pengganti kedalam buku register induk perkara dan dalam buku catatan penundaan sidang;
b. Mengumumkan jadwal siding kedalam website dan papan pengumuman;

13.     Turut serta merumuskan kebijakan program kerja di pengadilan dan pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Panitera serta pimpinan pengadilan sesuai ketentuan yang berlaku;